数据与文件布局

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项目里

主 worktree = git rev-parse --git-common-dir 的父目录。所有 worktree 共享 <主 worktree>/.arboria/，它写进了 .git/info/exclude，不属于任何分支。

myproj/                       主 worktree
├── arboria.toml              项目配置（提交它）
├── CLAUDE.md                 其中一个区块由 arb 管理
└── .arboria/
    ├── ledger.db             SQLite 账本（WAL），schema 版本在 PRAGMA user_version
    ├── backup/ledger.sql     备份提交时导出的数据库
    ├── notebooks/<idea>.py   每个 idea 的 notebook
    ├── commands/<名字>.py    项目的 notebook 命令（Claude 写）
    ├── cache/commands/<名字>/ 命令的缓存
    ├── runs/<run>/out/       拉回来的 ARBORIA_OUT
    ├── sessions/             hook 记下的 Claude Code 会话 socket（0600）
    ├── notifications.log     watch / poll 的通知
    └── hook.log              hook 的错误
myproj-<idea>/                每个 idea 的 worktree（分支 idea/<idea>）
└── notebook.py → ../myproj/.arboria/notebooks/<idea>.py

旧版本的账本原地迁移。
快照存成隐藏的 git ref refs/arboria/runs/<run>；放弃的 idea 的最终快照在 refs/arboria/ideas/<name>/final，打标签 arboria/archive/<name>。这些 ref 默认不会被 push。
拉回的 config.yaml 存进 runs.config_json：装了 PyYAML 就解析成 JSON，否则原文存在 _raw_yaml 下，最多 200 KB。

备份仓库

.arboria/ 本身是一个只做备份的小 git 仓库。下面这些事件之后，arb 把数据库导出到 backup/ledger.sql，连同 notebooks/*.py 和 commands/*.py 一起提交：

idea 新建、关闭；笔记；新 run；决定；
经验的提出、接受、拒绝、退役；待办的新建、完成、放弃；置信度和指标修改；
run 的提交、批准、进入队列、拒绝、取消、结束和存入 config。

轮询这类心跳更新只写数据库，不提交。marimo 的 __marimo__/ 缓存不跟踪。

你的机器上

位置	内容
`~/.config/arboria/clusters.toml`	机器配置（`ARBORIA_CONFIG_DIR`）
`~/.config/arboria/commands/`	全局 notebook 命令
`~/arboria/`（`ARBORIA_HOME`）	种子园：`seeds/<名字>.py` 是种子 notebook；`.arboria/` 和项目的一样，另有 `.arboria/seeds/`（每次备份提交前把种子 notebook 复制进来）

种子园不是 git 仓库；账本的 schema 和项目的相同（seeds、plantings 两张表，待办属于一个 idea 或一个种子）。

集群上

路径	内容
`<runs>/<project>/<run>/code`	快照内容，命令在这里运行
`<runs>/<project>/<run>/logs/s<k>.<jobid>.out`	每段的日志
`<ckpt>/<project>/<run>`	`ARBORIA_CKPT_DIR`
`<out>/<project>/<run>`	`ARBORIA_OUT`，结束后拉回